Konfiguration der Indizierung

• Mit Peak-File wird die Datei, in der die Reflexe gespeichert sind eingestellt. Dies kann entweder eine STOE cry-Datei sein, wie sie aus der Peaksuche von STOE resultiert (Achtung: aus dieser Datei werden mit reci alle Reflexe entfernt, die sich nicht indizieren ließen, daher unbedingt die Datei vor der Indizierung retten) oder die Datei <fileroot>_objects.peaks, wie sie aus der matrixfreien Integration kommt.

  Abbildung: Einstellung der Parameter für die Indizierung mittels gnomonischer Projektion

  
• Die Indizierungs-Toleranz legt eine Kugel im reziproken Raum mit Einheit $1/\mbox{\AA}$ fest, innerhalb derer alle Beugungsvektoren als indiziert angesehen werden. Die größe dieser Kugel wird bei der Basisprojektion als Kreis dargestellt (siehe Abb. ).
• Ist Verfeinere Phi-Wert aktiviert, so werden die Phi-Werte der Beugungsobjekte vom Mittelpunkt des Drehintervalls eines Bildes auf den aus der Orientierungsmatrix berechneten Wert verändert. Dies erhöht die Genauigkeit der Beugungsvektoren. Achtung: Hierbei dreht die Orientierungsmatrix endlos hinter phi her, so daß kein sinnvolles Ergebnis zustande kommt. Dies ist für die Entwicklung, im Moment ist dieses also zu deaktivieren.
• Ist Merhlings-Suche aktiviert, so wird die Integration erst beendet, wenn mehr als 90% der Reflexe indiziert sind. Wenn hierfür mehrere Zellen nötig sind, werden diese gesucht.
• Für die Indizierung kann ein minimaler Wert von $I/\sigma_I$ definiert werden. Nur Objekte stärker als dieser Wert werden verwendet.
• Der minimale und maximale Gitterparameter definiert den Längenbereich der Beugungsvektoren, die für Basisvektoren in Frage kommen.
• Ist Zeige Projektion aktiviert, so wird an Stellen, an denen es nicht nötig ist, die Darstellung des Bildes zu sehen, dieses dargestellt. Dies sollte aktiviert werden, falls bei der Integration die Bilder dargestellt werden sollen.
• Ist Zeige Basisrichtungsprojektion aktiviert, so wird die Längenanalyse der Vektoren bei der gnomonischen Projektion, die ansonsten automatisch stattfindet, von Hand durchgeführt. Auf diese Weise kann helfend in die Indizierung eingegriffen werden (siehe ).
• Ist Nur nicht indizierte Peaks darstellen aktiviert, so werden aus der Peakliste diejenigen Peaks entfernt, dir bereits indiziert wurden. Dies ist nützlich für die Mehrlings-Indizierung.

• Unter Verschiebung-Corellation wird der Startwert der Asymmetrie eingestellt. Nur Vektoren, die um maximal diesen Wert länger sind als der kürzeste Vektor, werden zur Analyse verwendet (siehe ).

  Abbildung: Einstellung der Parameter für die Indizierung mittels Verschiebungskorrelation

  
• Die Winkel-Toleranz wird zur Unterscheidung von verschiedenen Individuen verwendet. Sind zwei Matrizen innerhalb eines Winkels von diesem Wert identisch, so werden sie als eine Matrix angesehen. Ist eine sehr kleine Aufspaltung der Zwillinge zu erwarten, so ist dieser Wert zu verringern.
• Ist Nur eine Metrik aktiviert, so werden nur Zwillinge und keine Komposit-Kristalle erwartet.
• Anzahl kürzester Reflexe ist einer der wichtigsten Parameter im Indizierungs-Menü. Besteht ein Datensatz aus sehr vielen Objekten, so wird die Berechnung sämtlicher Differenzvektoren sehr zeitintensiv. Daher werden nur ein Teil der Reflexe zum Finden der Metrik herangezogen. Hierfür werden die kürzesten Reflexe im Datensatz verwendet. Für die Kalibrierung von Hand empfiehlt es sich, einen kleineren Wert einzutragen, damit die Berechnung der Projektion beschleunigt wird. Dieser Parameter wird in vielen Programmteilen verwendet, auch in der Indizierung mit gnomonischer Projektion und der Orientierungs-Suche.

• Bei der Orientierungssuche wird die Rotation einer feste Metrik verfeinert. Der Konvergenzradius für wenige kurze Reflexe ist hierfür zum Teil sehr hoch, daher kann der gesamte Rotations-Raum mit einem groben Raster abgerastert werden. Eingestellt wird die Zahl der kürzesten Reflexe und die Rastergröße.

  Abbildung: Einstellung der Parameter für die Indizierung mittels Orientierungssuche

  
• Min. Residue ist das Residuum in der Verfeinerung und gibt an, wann die Verfeinerung als erfolgreich angesehen wird.
• Ist Metrik verfeinern aktiviert, so wird nach gefundener Orientierung die Metrik im vorgegebenen Kristallsystem verfeinert.

• Unter Kalibrierung werden die Parameter, die bei der Kalibrierung verfeinert werden sollen, eingestellt. Möglich sind Abstand, Platten Ursprung, Verkippung der Rotationsachse und Verkippung des Primärstrahls.
• Nach 10 Zyklen können die Vektoren mit den neuen Korrekturen neu indiziert werden und die Metrik verfeinert werden. Auf diese Weise ist es möglich wechselseitig, Metrik und Kalibrier-Parameter anzupassen.